Kluczowa różnica między fukoidanem a fukoksantyną polega na tym, że fukoidan jest siarczanowanym polisacharydem zawierającym fukozę, obecnym w różnych gatunkach brunatnic i brunatnic, podczas gdy fukoksantyna jest ksantofilem obecnym jako dodatkowy pigment w chloroplastach brunatnic i innych heterokontów.
Ekosystemy morskie to zarówno flora, jak i fauna. Mają dużą różnorodność gatunkową. Ponadto gatunki te zawierają różne związki korzystne dla ludzi. Biomolekuły ekstrahowane z tych gatunków w ekosystemach morskich mają różne potencjały terapeutyczne. Fukoidan i fukoksantyna to dwa takie związki występujące w ekosystemach morskich, głównie w brunatnicach. Mimo że różnią się chemicznie, oba związki są obecnie wykorzystywane do różnych celów badawczych, mających na celu identyfikację ich potencjału terapeutycznego.