Kluczowa różnica między metagenomiką a metatranskryptomiką polega na rodzaju badanych biomolekuł w każdym obszarze. Metagenomika bada DNA, jego sekwencje i zachowanie w organizmach, podczas gdy metatranskryptomika bada transkrybowane DNA, głównie sekwencje mRNA i jego zachowanie w organizmach.
Metagenomika i metatranskryptomika to dwie dziedziny, które przez lata zyskały dużą popularność w odniesieniu do społeczności drobnoustrojów. Są ważne w ochronie zdrowia, przemyśle i biotechnologii rolniczej. Zarówno metagenomika, jak i metatranskryptomika pozwalają na badanie poszczególnych organizmów w społeczności i ich ról funkcjonalnych, które są korzystne lub szkodliwe.
