Kluczową różnicą między fenetyką a kladystyką jest metoda stosowana w klasyfikacji organizmów. Fenetyka klasyfikuje organizmy na podstawie cech morfologicznych i strukturalnych, podczas gdy kladystyka klasyfikuje organizmy na podstawie ich pochodzenia i pokrewień ewolucyjnych.
Klasyfikacja organizmów jest ważnym procesem w badaniach bioróżnorodności i badaniach biologicznych. Taksonomia ułatwia klasyfikację różnych systemów, pomagając jednocześnie w klastrowaniu i grupowaniu organizmów. Pod tym względem fenetyka i kladystyka odgrywają ważną rolę w budowaniu relacji między organizmami.
