Kluczowa różnica między auksotrofami i prototrofami polega na tym, że auksotrofy to zmutowane mikroorganizmy, które utraciły zdolność do wytwarzania określonego związku organicznego wymaganego do ich wzrostu, podczas gdy prototrofy to mikroorganizmy typu dzikiego, zdolne do wytwarzania wszystkich wymaganych związków organicznych.
Mikroorganizmy wykazują różne sposoby odżywiania. W szczególności bakterie mają różne zdolności. Niektóre bakterie są zdolne do fotosyntezy i wytwarzania własnej żywności, podczas gdy inne żyją w symbiotycznych związkach z organizmem gospodarza i pozyskują składniki odżywcze. Ponadto niektóre bakterie rozkładają materię organiczną i pozyskują składniki odżywcze. Auksotrofy i prototrofy to dwie grupy mikroorganizmów, które różnią się w zależności od ich zdolności do wytwarzania związków organicznych do ich wzrostu. Prototrofy potrafią syntetyzować wszystkie związki organiczne potrzebne do ich wzrostu, podczas gdy autotrofy nie są w stanie wyprodukować określonego związku organicznego, który jest niezbędny do jego wzrostu z powodu mutacji.
