Kluczowa różnica między efektem założycielskim a dryfem genetycznym polega na tym, że efekt założycielski jest zdarzeniem dryfu genetycznego, w którym mała grupa oddziela się od głównej populacji w celu założenia kolonii, podczas gdy dryf genetyczny odnosi się do przypadkowych zmian częstości alleli w małych populacjach, które powodują zanikanie z czasem określonych genów.
Ewolucja to proces wyjaśniający zmianę cech organizmów na przestrzeni kolejnych pokoleń. Ewolucja opiera się na doborze naturalnym i dryfcie genetycznym. Ze względu na dobór naturalny w populacjach pozostają cechy korzystne, podczas gdy cechy niekorzystne zanikają z upływem czasu. Podobnie dryf genetyczny powoduje losowe zmiany częstości alleli w małych populacjach, ze względu na przypadkowe zanikanie poszczególnych genów w wyniku umierania lub unikania reprodukcji. Efekt założycielski i efekt wąskiego gardła to dwa zdarzenia dryfu genetycznego.
