Kluczowa różnica między protomerami a kapsomerami polega na tym, że protomery są jednostkami strukturalnymi białek oligomerycznych, podczas gdy kapsomery to indywidualne białka złożone z protomerów, które są strukturalnymi podjednostkami kapsydu wirusa.
Wirus jest wewnątrzkomórkowym pasożytem obligatoryjnym, który jest cząstką zakaźną. Kapsyd jest jednym z dwóch głównych składników cząsteczki wirusa. Jest to płaszcz białkowy, który otacza i chroni genom wirusa. Kapsyd składa się z protomerów, które są jednostkami strukturalnymi białek oligomerycznych. Kapsomer jest strukturalną podjednostką kapsydu wirusa i stanowi agregację kilku protomerów jako jednostki. Zatem protomery samoorganizują się tworząc kapsomer, a kapsomery samoorganizują się tworząc kapsyd.
