Kluczowa różnica między Apicomplexia i Ciliophora polega na tym, że Apicomplexia jest podtypem pierwotniaków i obejmuje organizmy z kompleksem wierzchołkowym, podczas gdy Ciliophora jest kolejnym podtypem pierwotniaków obejmującym organizmy z rzęskami.
Pierwotniaki to jedna z dwóch głównych grup należących do Kingdom Protista. Druga grupa to glony. Pierwotniaki to zwierzęta jednokomórkowe, takie jak organizmy eukariotyczne. Należą do czterech klas: Sarcodina (ameby), Ciliophora (orzęski), Zoomastigophora (wiciowce) i Apicomplexa. Apicomplexia mają strukturę znaną jako kompleks wierzchołkowy, podczas gdy członkowie Ciliophora mają tysiące rzęsek na powierzchni organizmu.
