Kluczową różnicą między zaćmieniem a okresem utajonym jest to, że okres zaćmienia to czas syntezy białek fagowych i kwasów nukleinowych wewnątrz komórki gospodarza, podczas gdy okres utajony to czas między wstrzyknięciem genomu wirusa do komórki a lizą komórki gospodarza.
Bakteriofag (fag) jest obligatoryjną wewnątrzkomórkową cząsteczką wirusa, która infekuje i namnaża się w obrębie określonej bakterii. Są one również znane jako zjadacze bakterii, ponieważ działają jako środki bakteriobójcze. Złożony kształt głowy i ogona jest najpowszechniejszym kształtem prezentowanym przez bakteriofagi. Infekują bakterie żywiciela w celu rozmnażania. Na początku infekcji przyczepiają się ściśle do ściany komórkowej bakterii za pomocą receptorów powierzchniowych i wstrzykują swój materiał genetyczny do komórki gospodarza. Wówczas ich infekcja może przebiegać w dwóch cyklach: litycznym i lizogennym.
W cyklu litycznym bakteriofagi infekują bakterie i szybko zabijają komórkę bakteryjną gospodarza poprzez lizę. W cyklu lizogennym wirusowy materiał genetyczny integruje się z genomem bakterii lub plazmidami i istnieje w komórce gospodarza przez wiele pokoleń bez zabijania bakterii gospodarza. Proces infekcji przebiega po różnych okresach, takich jak okres utajony, okres zaćmienia, okres wzrostu itp.
