Kluczowa różnica - ligacja tępa vs lepka końcówka
Endonukleazy restrykcyjne to specyficzne enzymy, które tną dwuniciowe DNA (dsDNA). W biologii molekularnej znane są również jako nożyczki molekularne. Enzymy restrykcyjne są w stanie rozpoznawać specyficzne krótkie sekwencje dsDNA, znane jako miejsca rozpoznawania, i rozszczepiać wiązania fosfodiestrowe i wodorowe na otwarte podwójne nici. W wyniku rozszczepienia przez te enzymy powstają fragmenty DNA o różnych typach końców, takich jak lepkie i tępe. Ligaza DNA jest enzymem używanym w biologii molekularnej do łączenia dwóch sąsiednich nici DNA poprzez tworzenie nowych wiązań. Etap ten jest znany jako ligacja i w zależności od typu ligowanego końca DNA, można je określić jako ligację na tępych końcach i ligację na lepkich końcach. Kluczową różnicą między ligacją na tępych i lepkich końcach jest to, że ligacja na tępych końcach występuje między fragmentami DNA, które zawierają dwa tępe końce, podczas gdy ligacja na lepkich końcach występuje między nawisami 5 'i 3'. W porównaniu do podwiązania tępych końców, podwiązanie lepkich końców jest bardziej wydajne i stabilne.
SPIS TREŚCI
1. Przegląd i kluczowe różnice
2. Czym jest podwiązanie na tępe końcówki
3. Co to jest podwiązanie na tępe końcówki
4. Porównanie obok siebie - podwiązanie na tępe i lepkie końcówki
5. Podsumowanie
Co to jest podwiązanie na tępe zakończenie?
Niektóre endonukleazy restrykcyjne mogą przecinać DNA na przeciwnych zasadach i wytwarzać fragmenty DNA o tępych końcach. Te enzymy są znane jako tępe końcówki; rozszczepiają się prosto do środka miejsca restrykcyjnego bez pozostawiania pojedynczych, wystających nici zasad. Tępe końce są również znane jako niewystające końce, ponieważ nie mają wystających końców 3 'i 5' na końcach. Obie nici kończą się z par zasad tępymi końcami. Powszechnymi enzymami tnącymi tępe końce są EcoRV HaeIII, AluI i Smal.
Między dwoma tępymi końcami występuje podwiązanie tępych końców. Nie jest to podwiązanie wystających podstaw. To podwiązanie jest mniej wydajne niż ligacja lepkich końców. Jednak w niektórych przypadkach ligacja tępych końców staje się bardziej korzystna niż ligacja lepkich końców, zwłaszcza w przypadku ligowania produktów PCR. Produkty PCR są zawsze wytwarzane z tępymi końcami. Ligacja tępych końców nie wymaga do ligacji komplementarnych końców w DNA.
Rysunek 01: Produkcja tępych końców przez enzym Eco RV
Co to jest podwiązanie lepkich końców?
Niektóre endonukleazy restrykcyjne są zdolne do cięcia dsDNA, pozostawiając na końcu wystający fragment jednoniciowego DNA. Te końce są znane jako lepkie lub wystające końce. Ligacja lepkich końców zachodzi między dwoma fragmentami DNA, które zawierają pasujące nawisy, ponieważ lepkie końce mają niesparowane zasady i wymagają uzupełniających się zasad do tworzenia wiązań. W związku z tym konieczne jest użycie tego samego enzymu restrykcyjnego dla obu źródeł DNA w celu wytworzenia pasujących fragmentów ligujących.
Ligacja lepkich końców jest bardziej wydajna i często jest wysoce pożądana w procesach klonowania. Istnieje kilka enzymów restrykcyjnych, które wytwarzają lepkie końce. Są to EcoRI, BamHI, HindIII itp.
Rysunek 02: Produkcja lepkich końców przez enzym Eco RI
Jaka jest różnica między podwiązaniem tępym a lepkim?
Porównaj środek artykułu przed tabelą
Podwiązanie tępe kontra lepkie końcówki |
|
| Ligacja tępych końców zachodzi między dwoma fragmentami DNA o tępych końcach. | Ligacja lepkich końców zachodzi między dwoma pasującymi fragmentami DNA z lepkimi końcami. |
| Enzymy | |
| Tępe końcówki tnące dają tępe końce. | Lepkie ostrza dają lepkie lub spójne końce. |
| Wymóg pasujących końców | |
| Nie wymaga pasujących fragmentów ani uzupełniających się baz. | Wymaga uzupełniających się zasad na końcach, aby utworzyć pary zasad. |
| Wydajność | |
| Jest mniej skuteczny niż podwiązanie lepkich końców | Jest bardziej skuteczny niż podwiązanie na tępe końce. |
Podsumowanie - ligacja tępa kontra lepka końcówka
Endonukleazy restrykcyjne są w stanie rozszczepiać dsDNA i wytwarzać fragmenty DNA o różnych końcach. Rozpoznają określone sekwencje i ograniczają DNA, tworząc lepkie i tępe końce. Lepkie końce mają niesparowane podstawy na końcach fragmentów. Tępe końce powstają z powodu prostego dekoltu i mają pary bazowe na końcach. Ligacja lepkich końców wymaga dwóch komplementarnych jednoniciowych fragmentów DNA. Ligacja tępych końców występuje między dowolnymi dwoma tępymi końcami fragmentów. To jest różnica między tępym a lepkim podwiązaniem.
