Kluczowa różnica między fermentacją a oddychaniem polega na tym, że fermentacja zachodzi przy braku tlenu, podczas gdy oddychanie wymaga tlenu.
Organizmy potrzebują energii do wykonywania czynności komórkowych. Dlatego generują cząsteczki energii w postaci ATP. Wykorzystują różne substraty i rozkładają się na różne formy, a uwalniająca się energia przekształca się w cząsteczki energii, które mogą być wykorzystywane przez komórki. Glukoza jest podstawowym substratem wielu organizmów. Fermentacja i oddychanie to dwa procesy komórkowe, które wytwarzają energię poprzez rozkład glukozy w kilku etapach. Jednak oddychanie jest bardziej wydajne i wytwarza więcej cząsteczek ATP niż fermentacja.