Kluczowa różnica między fermentacją w stanie stałym a fermentacją wgłębną polega na tym, że fermentacja w stanie stałym obejmuje hodowlę mikroorganizmów na podłożu stałym o niskiej zawartości wilgoci, podczas gdy fermentacja wgłębna obejmuje hodowlę mikroorganizmów w pożywce płynnej o zawartości wody powyżej 95%..
Mikroorganizmy są pożyteczne w różnych gałęziach przemysłu. Bakterie i grzyby mają szczególnie różnorodne zastosowania w przemyśle. Mikroorganizmy należy hodować na dużą skalę podczas procesu fermentacji przemysłowej, aby wyodrębnić niezbędne produkty wynikające z metabolizmu drobnoustrojów. Fermentacja w stanie stałym i fermentacja wgłębna to dwa główne rodzaje fermentacji, które pomagają w przemysłowej produkcji enzymów. W fermentacji w stanie stałym fermentacja zachodzi przez mikroorganizmy rosnące na stałym podłożu, podczas gdy w fermentacji wgłębnej fermentacja zachodzi przez mikroorganizmy hodowane w płynnym podłożu. Każda metoda ma zarówno zalety, jak i wady.