Kluczową różnicą między maltozą a izomaltozą jest to, że maltoza ma dwie jednostki glukozy połączone ze sobą wiązaniem alfa 1-4, podczas gdy izomaltoza ma dwie jednostki glukozy połączone ze sobą wiązaniem alfa 1-6.
Maltoza jest disacharydem. Oznacza to, że ma dwie połączone ze sobą jednostki cukru. W przypadku maltozy i izomaltozy jednostką cukru jest cząsteczka glukozy. Dlatego te dwie formy disacharydów różnią się od siebie chemicznym wiązaniem między dwiema jednostkami glukozy. Jednak obie te formy cukru są cukrami redukującymi.
