Kluczową różnicą między podobieństwem i identycznością w dopasowaniu sekwencji jest to, że podobieństwo to podobieństwo (podobieństwo) między dwiema sekwencjami w porównaniu, podczas gdy tożsamość to liczba znaków, które dokładnie pasują między dwiema różnymi sekwencjami.
Bioinformatyka to interdyscyplinarna dziedzina nauki, która obejmuje głównie biologię molekularną i genetykę, informatykę, matematykę i statystykę. Dopasowanie sekwencji jest głównym terminem w bioinformatyce. Jest to procedura, w której sekwencje DNA, RNA lub białka są układane w celu zidentyfikowania regionów podobieństwa, które jest konsekwencją funkcjonalnego, strukturalnego lub ewolucyjnego związku między sekwencjami. Na końcu wyrównywania zostaną przedstawione jako wiersze w macierzy. W celu wyrównania identycznych znaków w kolejnych kolorach, między resztami znajdują się wstawione przerwy.