Kluczowa różnica między homologią a podobieństwem w bioinformatyce polega na tym, że homologia odnosi się do stwierdzenia o wspólnym ewolucyjnym pochodzeniu dwóch sekwencji, podczas gdy podobieństwo odnosi się do stopnia podobieństwa między dwiema sekwencjami.
Bioinformatyka to dziedzina nauki, która łączy biologię, inżynierię informacyjną, informatykę, matematykę i statystykę w celu analizy i interpretacji danych biologicznych. Homologia i podobieństwo to dwa terminy, których używamy w dziedzinie bioinformatyki. Możemy łatwo obliczyć podobieństwo jako procent podobnych reszt na danej długości dopasowania. Jednak nie możemy obliczyć homologii, ponieważ może to być prawda lub fałsz i zwykle zależy od zastosowanej hipotezy.