Kluczową różnicą między DMSO i MSM jest to, że DMSO jest związkiem organosiarkowym występującym w fazie ciekłej, podczas gdy MSM jest związkiem siarki organicznej występującym w fazie stałej.
Termin DMSO oznacza dimetylosulfotlenek, podczas gdy termin MSM oznacza metylosulfonylometan. Oba są to związki siarki organicznej. To znaczy; związki te mają atomy siarki związane ze związkami organicznymi. Główna różnica między DMSO i MSM polega na fazie materii, w której te związki istnieją w temperaturze pokojowej. Oprócz tej kluczowej różnicy istnieją również inne różnice.