Kluczową różnicą między inaktywacją X a imprintingiem genomowym jest to, że inaktywacja X jest procesem, w którym jedna kopia chromosomu X jest inaktywowana u niektórych kobiet, podczas gdy imprinting genomowy jest procesem zależnym od rodzica pochodzenia i jest to proces, w którym kopie chromosomu X są geny ulegają różnej ekspresji.
Inaktywacja X i imprinting genomowy to dwa procesy, które mogą prowadzić do monoallelicznej ekspresji. Krótko mówiąc, oba zjawiska powodują wyłączenie jednej kopii genu. Imprinting genomowy zachodzi w określonych genach, podczas gdy inaktywacja X powoduje inaktywację genów w całym chromosomie X. Jednak oba procesy powodują zmniejszoną ekspresję genów.
