Kluczowa różnica między anammoksem a denitryfikacją polega na tym, że anammox odnosi się do beztlenowego utleniania amonu, które przekształca amon i azotyny w azot w warunkach beztlenowych. Tymczasem denitryfikacja polega na biologicznej przemianie azotanu w N 2 przez bakterie denitryfikacyjne.
Cykl azotu to ważny cykl biogeochemiczny, w którym azot jest przekształcany w różne formy chemiczne, takie jak NH 3, NH 4 +, NO 2 -, NO 3 -itd. Istnieją cztery główne procesy widoczne w obiegu azotu. Są to utrwalanie, amonifikacja, nitryfikacja i denitryfikacja. Wiele z tych procesów jest przeprowadzanych przez mikroorganizmy, zwłaszcza bakterie obecne w glebie. Anammox to jeden z najnowszych dodatków do cyklu azotowego. Jest to proces beztlenowego utleniania amonu. Proces ten przeprowadza specyficzna grupa bakterii zwana planctomycetes. Posiadają specjalne organelle zwane anammoksosomami, które stanowią miejsce reakcji anammox. Jednak ostatecznie zarówno denitryfikacja, jak i anammox wytwarzają azot.
