Kluczowa różnica między anomerami alfa i beta polega na tym, że w anomerze alfa grupa hydroksylowa na atomie węgla anomerycznego jest cis względem egzocyklicznego tlenu w centrum anomerycznym, podczas gdy w anomerze beta grupa hydroksylowa jest trans do egzocyklicznego tlenu.
Anomer to geometryczna odmiana węglowodanów. Jest to rodzaj epimeru, w którym możemy zobaczyć anomeryczny atom węgla. Anomeryczny atom węgla pochodzi z węgla karbonylowego o strukturze otwartego łańcucha węglowodanu. Dlatego tworzenie struktury cyklicznej ze struktury otwartego łańcucha nazywa się anomeryzacją.