Kluczowa różnica między syntenią a kolinearnością polega na tym, że syntenia to fizyczna kolokalizacja loci genetycznych na tym samym chromosomie u gatunku, podczas gdy kolinearność to fizyczna kolokalizacja loci genetycznych na tym samym chromosomie u różnych gatunków zachowujących ten sam porządek.
Syntenia i kolinearność to dwa terminy, które są używane zamiennie w genomice. Oba terminy opisują wzorce lokalizacji genów na chromosomach różnych gatunków. Te powiązane układy genów wśród taksonów są cenną informacją przy wnioskach o wspólnym pochodzeniu genów. Synteny odnosi się do fizycznej kolokalizacji loci genetycznych na tym samym chromosomie u gatunku. Kolinearność odnosi się do fizycznej kolokalizacji loci genetycznych na tym samym chromosomie u różnych gatunków zachowujących ten sam porządek. Dlatego jest to forma syntenii.
