Kluczowa różnica między genokopią a fenokopią polega na tym, że w genokopiach fenotypy wykazują podobieństwo, a genotyp zmienia się, podczas gdy w fenokopii fenotypy są różne, a genotyp pozostaje niezmieniony.
Rozbieżność między genokopią a fenokopią jest zaangażowana w wyjaśnianie rzadkich zjawisk genetycznych. Te dwie koncepcje pokazują, jak tradycyjna genetyka lub genetyka mendlowska może się różnić w zależności od wyjątków występujących w naturze. Genokopia odnosi się do zjawiska nadawania podobnego fenotypu pomimo posiadania innego genotypu. W przeciwieństwie do fenokopii odnosi się do zjawiska posiadania różnych fenotypów pomimo niezmienionego genotypu.