Kluczowa różnica między mutagenem a teratogenem polega na tym, że mutagen jest substancją lub czynnikiem powodującym zmianę w sekwencji DNA osobnika, podczas gdy teratogen jest czynnikiem powodującym uszkodzenie płodu lub rozwijającego się zarodka w czasie ciąży.
Mutageny i teratogeny są zwykle środkami chemicznymi. Jednak czynniki fizyczne i biologiczne mogą również działać jako mutagen lub teratogen. Oba mogą prowadzić do bardzo szkodliwych lub śmiertelnych skutków u osób. Jednak udoskonalenie biotechnologii dało nowe spojrzenie na koncepcje mutagenów i teratogenów.