Kluczową różnicą między UTR a intronem jest to, że UTR jest niekodującą sekwencją nukleotydową, która jest zawarta w sekwencji dojrzałego mRNA, podczas gdy intron jest sekwencją, która nie jest zawarta w dojrzałej cząsteczce mRNA.
UTR lub region nieulegający translacji jest sekwencją niekodującą, która znajduje się w cząsteczce mRNA. Po każdej stronie sekwencji mRNA widzimy jeden UTR. Dlatego istnieją dwa UTR jako 5'UTR i 3'UTR. W przeciwieństwie do tego intron to niekodująca sekwencja, która znajduje się między eksonami genu. Podczas tworzenia mRNA introny są odcinane. Stąd introny nie są widoczne w sekwencji mRNA. Jednak zarówno UTR, jak i intron są ważnymi elementami genomów eukariotycznych.
