Kluczową różnicą między kodonem start i kodonem stop jest to, że kodon start jest sekwencją trinukleotydową, która oznacza początek sekwencji, która przekłada się na białko, podczas gdy kodon stop jest sekwencją trinukleotydową, która oznacza koniec sekwencji, która przekłada się na białko.
Kod genetyczny genu zawiera instrukcje potrzebne do wytworzenia określonego białka. Zawiera sekwencje trójnukleotydowe, które są znane jako kodony. Każdy kodon określa aminokwas. Aminokwasy są budulcem białka. Kod genetyczny każdego genu zaczyna się od kodonu start i kończy się kodonem stop. Dlatego kodon start oznacza miejsce, w którym rozpoczyna się translacja na białko. Z drugiej strony, kodon stop oznacza miejsce, w którym kończy się translacja na białko. Dlatego możemy zidentyfikować te dwa kodony jako dwa znaki interpunkcyjne w kodzie genetycznym. Obie są specyficznymi sekwencjami trójnukleotydowymi.
