Kluczowa różnica - strona SDS a strona natywna
SDS i strona natywna to dwa rodzaje technik elektroforezy w żelu poliakrylamidowym, stosowanych w biologii molekularnej. Kluczową różnicą między SDS Page i Native Page jest rodzaj zastosowanego żelu poliakrylamidowego. Na stronie SDS stosowany jest żel denaturujący, dlatego cząsteczki są rozdzielane na podstawie ich masy cząsteczkowej. Natomiast w Native Page stosuje się żele niedenaturujące. Dlatego cząsteczki są rozdzielane na podstawie ich wielkości, ładunku i kształtu.
Elektroforeza w żelu poliakrylamidowym (strona) wykorzystuje żel wytworzony przez polimeryzację monomerów akryloamidu z metylenobisakryloamidem. Poliakrylamid jest twardszy i bardziej stabilny termicznie niż agaroza. Żele poliakryloamidowe mają mniejszy rozmiar porów, co umożliwia wydajną separację białek. Istnieją dwa główne typy konfiguracji strony, a mianowicie strona SDS i strona natywna. SDS Page lub elektroforeza w żelu poliakryloamidowym z siarczanem sodu i dodecylu polega na rozdzieleniu białek na podstawie ich mas cząsteczkowych. Żele denaturujące są używane na stronie SDS. Native Page wykorzystuje niedenaturujące żele i oddziela białka na podstawie ich wielkości, ładunku i kształtu (konformacja 3D).
ZAWARTOŚĆ
1. Przegląd i kluczowe różnice
2. Czym jest strona SDS
3. Co to jest strona macierzysta
4. Podobieństwa między stroną SDS a stroną macierzystą
5. Porównanie obok siebie - strona SDS a strona macierzysta w formie tabelarycznej
6. Podsumowanie
Co to jest strona SDS?
Strona SDS jest najpowszechniejszą techniką elektroforetyczną używaną do rozdzielania białek na podstawie ich masy cząsteczkowej. Żel wytwarza się przez dodanie SDS (dodecylosiarczanu sodu), który jest detergentem. SDS przekształca białka w monomery. SDS to anionowy detergent. Dlatego dodaje ujemny ładunek netto do białek w szerokim zakresie pH. Gdy ujemny ładunek netto jest nadawany cząsteczkom białka, w wyniku zmiany ładunku, złożone struktury ulegają rozpadowi. Ze względu na ładunek ujemny białka przyciągają się w kierunku dodatniego końca. Tak więc cząsteczki o niższej masie cząsteczkowej przemieszczają się szybciej po matrycy żelowej i można je obserwować blisko anody, podczas gdy białka o większej masie cząsteczkowej są obserwowane bliżej dołków.
Rysunek 01: Strona SDS
Wiązanie SDS z łańcuchem polipeptydowym jest proporcjonalne do jego względnej masy cząsteczkowej. Dlatego masę cząsteczkową można również określić za pomocą strony SDS. Barwienie żeli SDS Page odbywa się poprzez barwienie błękitem bromofenolowym. Zastosowania zakresu stron SDS w większym stopniu, gdzie można go wykorzystać do oszacowania względnej masy cząsteczkowej i określenia względnej obfitości białek w mieszaninie białek. SDS Page można również wykorzystać do określenia rozkładu białek w mieszaninie białek. Strona SDS jest również stosowana do oczyszczania i oceny białek. Jest stosowany jako wstępna procedura do western blotting i hybrydyzacji, która z kolei jest używana do mapowania białek i identyfikacji.
Co to jest strona natywna?
Natywna elektroforeza na żelu poliakrylamidowym (Native Page) wykorzystuje niedenaturujący żel. Dlatego do matrycy żelowej nie dodaje się SDS ani żadnego innego środka denaturującego. W Native Page, rozdział białek jest oparty na ładunku i wielkości białka. Dlatego mobilność białka zależy od ładunku i wielkości białka.
Ładunek białka zależy od łańcuchów bocznych aminokwasów. Jeśli łańcuchy boczne są naładowane ujemnie, białko otrzyma ogólny ładunek ujemny i odwrotnie. Białka zachowują konformację 3D dzięki składaniu, które ma miejsce. Fałdowanie wynika z kilku typów wiązań w białkach, takich jak wiązania dwusiarczkowe, oddziaływania hydrofobowe i wiązania wodorowe. Dlatego też, jeśli natywna Strona jest przenoszona przy obojętnym pH, białka zostaną rozdzielone zgodnie z kształtem cząsteczkowym białka. Dlatego Native Page może być używane jako czuła technika wykrywania zmian w ładunku lub konformacji białka.
Główną zaletą natywnej strony jest to, że białko użyte do analizy strony może zostać odzyskane w swoim pierwotnym stanie po analizie strony, ponieważ białko nie jest zakłócane podczas procesu. Native Page to technika o stosunkowo dużej przepustowości, a stabilność białka jest zwiększona.
Rysunek 02: Strona macierzysta
Po zakończeniu analizy żelu, żel Native Page można obejrzeć przez barwienie błękitem bromofenolowym lub innym odpowiednim odczynnikiem barwiącym. Zastosowania Native Page obejmują separację kwaśnych białek, w tym glikoprotein, takich jak ludzka rekombinowana erytropoetyna lub identyfikację białek obecnych w albuminie surowicy bydlęcej (BSA).
Jakie są podobieństwa między stroną SDS a stroną natywną?
- Zarówno systemy SDS Page, jak i Native Page wykorzystują żel poliakrylamidowy jako matrycę żelu.
- Oba są używane do separacji i identyfikacji białek.
- Oba wykorzystują ruchliwość elektroforetyczną do rozdzielania związków.
- Oba można wykonać w sposób pionowy lub poziomy (głównie jako ustawienia strony w pionie, ponieważ długość przebiegu jest większa).
- Do działania obu technik wymagany jest aparat do elektroforezy, w tym zbiornik na żel, grzebienie, zasilacz.
- Wizualizację żelu można przeprowadzić metodami barwienia w obu technikach.
Jaka jest różnica między stroną SDS a stroną natywną?
Porównaj środek artykułu przed tabelą
Strona SDS a strona natywna |
|
| SDS Page lub Sodium-dodecyl sulfate Page oddziela białka na podstawie ich masy cząsteczkowej i wykorzystuje żel denaturujący. | Native Page wykorzystuje niedenaturujące żele i oddziela białka na podstawie ich wielkości, ładunku i kształtu (konformacja 3D). |
| Rodzaj żelu | |
| Żel denaturujący jest używany na stronie SDS. | Na stronie natywnej zastosowano żel niedenaturujący. |
| Obecność SDS | |
| SDS jest obecny jako detergent do nadawania ładunku ujemnego na próbce na stronie karty charakterystyki. | Karta charakterystyki nie występuje na stronie natywnej. |
| Podstawa separacji | |
| Rozdział białek zależy od masy cząsteczkowej białka na stronie SDS. | Separacja zależy od rozmiaru i kształtu cząsteczki białka na stronie natywnej. |
| Stabilność białka | |
| Stabilność białka jest niska na stronie SDS. | Stabilność białka na stronie natywnej jest wysoka. |
| Odzysk oryginalnego białka | |
| Niemożliwe, ponieważ jest denaturowane na stronie SDS. | Możliwe na stronie natywnej. |
Podsumowanie - strona SDS a strona natywna
SDS Page i Native Page to dwa rodzaje technik elektroforezy w żelu poliakryloamidowym, stosowane do rozdzielania białek. SDS Strona jest traktowana detergentem o nazwie SDS. SDS nadaje białku ogólny ładunek ujemny, który następnie powoduje denaturację białka. Dlatego białka są rozdzielane na podstawie ich masy cząsteczkowej. Natomiast technika Native Page nie wykorzystuje żadnego czynnika denaturującego. W ten sposób białka są rozdzielane na podstawie ich wielkości lub kształtu. To jest różnica między stroną SDS a stroną natywną.
