Kluczowa różnica między wektorami insercyjnymi i zastępczymi polega na tym, że wektor insercyjny ma zdolność wstawiania obcego DNA o umiarkowanych długościach, podczas gdy wektor zastępczy ma zdolność przyjmowania obcego DNA o większej długości.
Wektory fagowe są bakteriofagami używanymi do klonowania. Istnieją dwa typy wektorów fagowych; są to wektory wstawiania i wektory zastępcze. Ponadto wszystkie wektory fagowe składają się z nieistotnych genów. Jednak te geny muszą zostać usunięte z fagów, aby ułatwić tworzenie nowych obcych wstawek DNA.