Kluczowa różnica między materiałem genetycznym prokariotów i eukariontów polega na tym, że materiał genetyczny prokariotów unosi się w cytoplazmie, ponieważ nie mają one jądra, podczas gdy materiał genetyczny eukariontów znajduje się wewnątrz jądra. Inną ważną różnicą jest to, że prokarionty mają mały genom i zawierają plazmidy. Mają również duży zwinięty dwuniciowy chromosom kołowy, podczas gdy eukarionty mają większy genom i nie posiadają plazmidów.
Prokariota i eukarionty to dwa rodzaje organizmów. Bakterie i archeony są prokariotami. Prokarionty mają prostą organizację komórkową. Nie mają jądra i prawdziwych organelli. Z drugiej strony eukarionty mają złożoną organizację komórkową z jądrem związanym z błoną i prawdziwymi organellami. Grzyby, protisty, rośliny i zwierzęta to eukarionty.