Kluczową różnicą między powiązaniami genetycznymi a nierównowagą sprzężeń jest to, że powiązanie genetyczne to tendencja dwóch lub więcej genów tego samego chromosomu do pozostawania razem w procesie dziedziczenia, podczas gdy nierównowaga sprzężeń to nielosowe powiązanie alleli w różnych loci w populacji.
Powiązanie genetyczne i nierównowaga sprzężeń to dwie koncepcje genetyki, które następują po dziedziczeniu niemendlowskim. Powiązanie genetyczne odnosi się do fizycznego stanu bycia połączonym w chromosomie. Mówiąc prościej, jest to proces, w którym geny są blisko umiejscowione w chromosomie, dzięki czemu zawsze są dziedziczone razem w gametach. Z drugiej strony, w genetyce populacji, nierównowaga sprzężeń odnosi się do nielosowego łączenia alleli w różnych loci w populacji. Jest to miara różnicy między obserwowaną częstością określonej kombinacji alleli w dwóch loci a częstością oczekiwaną dla skojarzenia losowego.
