Kluczowa różnica między filtracją żelową a chromatografią żelowo-permeacyjną polega na tym, że faza ruchoma w chromatografii żelowej jest roztworem wodnym, podczas gdy faza ruchoma w chromatografii żelowo-permeacyjnej jest rozpuszczalnikiem organicznym.
Zarówno filtracja żelowa, jak i chromatografia żelowo-permeacyjna należą do kategorii chromatografii wykluczania ze względu na wielkość, w której możemy rozdzielić cząsteczki w roztworze w zależności od ich wielkości. Oznacza to, że czasami możemy rozdzielić cząsteczki według ich mas cząsteczkowych. Zwykle używamy tych technik do oddzielania złożonych cząsteczek, takich jak białka, oraz na skalę przemysłową do oddzielania materiałów polimerowych. Główna różnica między filtracją żelową a chromatografią żelowo-permeacyjną dotyczy fazy ruchomej, której używamy w każdej technice.
