Kluczowa różnica między pluripotencjalnymi i multipotencjalnymi komórkami macierzystymi polega na tym, że pluripotencjalne komórki mają zdolność różnicowania się w dowolny typ komórek trzech listków zarodkowych, podczas gdy multipotencjalne komórki macierzyste mają zdolność do rozwoju w ograniczonym zakresie określonych typów komórek.
Niektóre komórki mają zdolność różnicowania się w inne typy wyspecjalizowanych komórek. Ta zdolność nazywana jest mocą komórki. Kiedy komórka jest w stanie różnicować się w więcej typów komórek, ta konkretna komórka ma wielką siłę. Podobnie komórki macierzyste mają dużą siłę działania. Są to niezróżnicowane komórki organizmów wielokomórkowych, które mogą się szybko dzielić i różnicować na inne typy komórek. W związku z tym istnieją dwa główne typy komórek macierzystych. Mianowicie są to embrionalne komórki macierzyste i dorosłe komórki macierzyste. Opierając się na zdolności do różnicowania się w typy komórek, niektóre komórki macierzyste są totipotencjalne, podczas gdy inne są pluripotencjalne i multipotencjalne. Pluripotencjalne komórki macierzyste mogą stać się dowolnym typem komórek w trzech listkach zarodkowych, podczas gdy multipotencjalne komórki macierzyste mogą różnicować się w określone typy komórek. W związku z tym embrionalne komórki macierzyste są komórkami pluripotencjalnymi. Z drugiej strony komórki macierzyste krwi to multipotencjalne komórki macierzyste.
