Kluczowa różnica między zooplanktonem a fitoplanktonem polega na tym, że zooplankton to heterotroficzny plankton niefotosyntetyzujący, który jest pierwotniakiem lub zwierzęciem, podczas gdy fitoplankton to autotroficzny fotosyntetyczny plankton, który jest albo okrzemkowym, cyjanobakterią lub glonami.
Planktony to maleńkie organizmy żyjące i pływające w oceanach, morzach lub zbiornikach słodkowodnych. Większość z nich jest mikroskopijna i stanowią ważne źródło pożywienia dla większych zwierząt. Istnieją dwa główne typy planktonów, mianowicie zooplankton i fitoplankton. Zooplanktony są heterotroficzne i obejmują zwierzęta niezdolne do fotosyntezy. Z drugiej strony fitoplankton to plankton fotosyntetyczny, który jest autotroficzny. Poza tym fitoplanktony magazynują energię poprzez fotosyntezę, a zooplankton i nekton (zwierzęta o dużej masie, które aktywnie poruszają się w słupie wody) żywią się nimi. Ludzie i inne drapieżniki żywią się nektonem i niektórymi większymi zooplanktonem na dużą skalę. Również działalność człowieka, taka jak zanieczyszczenie środowiska, w dużej mierze negatywnie wpływa na przepływ energii, który zaczyna się od fitoplanktonu.
