Kluczowa różnica między szczepionką DNA a szczepionką rekombinowaną polega na przygotowaniu szczepionek. Przygotowanie szczepionki DNA odbywa się przy użyciu pożądanych genów lub fragmentów DNA, natomiast przygotowanie szczepionki rekombinowanej odbywa się przy użyciu rekombinowanej cząsteczki lub wektora zawierającego pożądany fragment genu.
Szczepienia mogą być stosowane jako profilaktyka lecznicza, a także jako środek leczniczy przeciwko infekcjom. Istnieje wiele form szczepień. DNA i szczepionki rekombinowane to najnowsze formy. Co więcej, te szczepionki są nadal w fazie badań.