Kluczowa różnica między patofizjologią a patogenezą polega na tym, że patofizjologia wyjaśnia stany zwykle obserwowane podczas stanu chorobowego, a także procesy lub mechanizmy zachodzące w organizmie, podczas gdy patogeneza wyjaśnia pochodzenie i rozwój choroby oraz to, czy choroba jest ostra, przewlekła czy nawracająca.
Patofizjologia i patogeneza to dwa podobne terminy używane do wyjaśnienia występowania choroby oraz związanych z nią mechanizmów i cech. Patofizjologia dotyczy warunków obserwowanych podczas stanu chorobowego oraz procesów zachodzących w organizmie. Patogeneza koncentruje się głównie na pochodzeniu i rozwoju choroby. Oba badania są ważne w diagnozowaniu choroby i zapobieganiu jej rozprzestrzenianiu.
