Kluczowa różnica między metabolitami pierwotnymi i wtórnymi polega na tym, że metabolity pierwotne są końcowymi produktami metabolizmu, które bezpośrednio uczestniczą w normalnym wzroście, rozwoju i rozmnażaniu organizmu, podczas gdy metabolity wtórne to metabolity, które nie uczestniczą bezpośrednio w normalnym wzroście, rozwoju i rozmnażaniu organizm.
Metabolity biorą udział we wzroście organizmów w procesie metabolizmu. Metabolizm to suma wszystkich reakcji biochemicznych zachodzących w organizmie. Istnieją dwie główne kategorie metabolitów w zależności od pochodzenia i funkcji. Są to metabolity pierwotne i wtórne.
