Kluczową różnicą między pierwotną i wtórną karbokacją allilową jest to, że pierwotna karbokacja allilowa jest mniej stabilna niż wtórna karbokacja allilowa.
Allilic karbokation jest strukturą węglową stabilizowaną rezonansem. Jest to jon zawierający ładunek dodatni. W tych jonach dodatni jon jest umieszczony na allilowym atomie węgla (allilowy atom węgla jest atomem sąsiadującym z wiązaniem podwójnym). Pierwszorzędowa karbokacja allilowa to karbokacja allilowa, w której dodatni ładunek jest umieszczony na pierwotnym atomie węgla, podczas gdy wtórna karbokacja allilowa jest karbokacją allilową, w której ładunek dodatni jest umieszczony na drugorzędowym atomie węgla.