Kluczową różnicą między różnicowaniem a morfogenezą jest to, że różnicowanie opisuje, w jaki sposób komórki stają się wyspecjalizowane, aby pełnić unikalne funkcje, podczas gdy morfogeneza opisuje rozwój form żywych organizmów.
Organizmy wielokomórkowe zaczynają swoje życie z jednej komórki, albo tworzą zarodnik, albo zygotę. Dlatego różnicowanie komórek i morfogeneza to dwa różne i główne procesy zachodzące podczas rozwoju organizmu wielokomórkowego. Różnicowanie to proces tworzenia różnych wyspecjalizowanych typów komórek. Prowadzi do dojrzewania komórek i tkanek, które pełnią określone funkcje dla organizmu. Z drugiej strony morfogeneza to proces rozwoju różnych form organizmów żywych. Określa kształt komórek, tkanek, narządów czy organizmów.
