Kluczową różnicą między alloprzeciwciałem a autoprzeciwciałem jest to, że alloprzeciwciało jest przeciwciałem wytwarzanym przeciwko alloantygenom, które są obcymi antygenami wprowadzonymi przez transfuzję lub ciążę. Tymczasem autoprzeciwciało jest przeciwciałem, które reaguje z autoantygenami.
Przeciwciała są wytwarzane w wyniku odpowiedzi immunologicznej. Mogą odzwierciedlać obecność, naturę i intensywność odpowiedzi immunologicznej. Układ odpornościowy powinien być w stanie oddzielnie zidentyfikować własne antygeny i obce antygeny. Jest krytyczny dla jego funkcji. Komórki B układu odpornościowego wytwarzają przeciwciała przeciwko antygenom. Alloprzeciwciała i autoprzeciwciała to dwa typy takich przeciwciał. Alloprzeciwciała powstają w wyniku wprowadzenia alloantygenów do organizmu w wyniku transfuzji lub ciąży. W przeciwieństwie do tego autoprzeciwciała to przeciwciała, które reagują z własnymi antygenami. Reakcja autoprzeciwciał z własnymi antygenami jest odpowiedzialna za stan zapalny, uszkodzenie i dysfunkcję tkanek i narządów, prowadząc do oznak i objawów zaburzeń autoimmunologicznych.