Kluczowa różnica między pączkiem egzogennym i endogennym polega na tym, że w pączkowaniu egzogennym nowy organizm lub pączek rozwija się na powierzchni rodzica matki, a następnie dojrzewa i odłącza się od niego, podczas gdy w pączkowaniu endogennym nowy organizm lub pączek rozwija się wewnątrz matki komórka.
Pączkowanie to rodzaj rozmnażania bezpłciowego, z którego rodzi się nowe potomstwo związane z matką rodzicem. Występuje z wyrostka lub pąka. Ogólnie pączek rozwija się na komórce rodzicielskiej i rozciąga się na zewnątrz. Następnie dojrzewa i odłącza się od matki, stając się niezależnym organizmem. Tak więc ten rodzaj pączkowania nazywany jest pączkiem egzogennym. Ale w niektórych organizmach widoczne jest również pączkowanie wewnętrzne. Tutaj w komórce macierzystej wytwarzany jest pączek lub komórka potomna. Dlatego nazywa się to endogennym pączkiem.