Kluczowa różnica między Kajmanem a Aligatorem polega na tym, gdzie żyją. Kajmany żyją w Ameryce Południowej i Środkowej, a aligatory w południowo-wschodnich Stanach Zjednoczonych i wschodnich Chinach. Różnią się także podrodzinami. Kajman należy do podrodziny caimaninae, natomiast aligator należy do podrodziny aligatorinae.
Kajman i aligator to dwa krokodyle podobne do zwierząt. Należą do grupy gadów. Jednak różnią się od krokodyli kilkoma cechami. Oba zwierzęta są zimnokrwiste i żyją w ciepłym klimacie. Są półwodne i mięsożerne. Żyją w siedliskach słodkowodnych i należą do rodziny Alligatoridae. Jednak kajman należy do podrodziny caimaninae, a aligator należy do podrodziny aligatorinae.