Kluczową różnicą między peptydem a dipeptydem jest to, że peptyd jest krótkim łańcuchem aminokwasów, które łączą się ze sobą wiązaniami peptydowymi, podczas gdy dipeptyd jest formą peptydu, który ma dwa aminokwasy połączone pojedynczym wiązaniem peptydowym lub pojedynczy aminokwas z dwa wiązania peptydowe.
Aminokwasy są budulcem białek. Dlatego tworzą ze sobą wiązania peptydowe, tworząc krótkie łańcuchy aminokwasów; nazywamy je „peptydami”. Długie i ciągłe łańcuchy peptydowe to „polipeptydy”. Te łańcuchy polipeptydowe łączą się ze sobą, tworząc białka. Termin peptyd jest terminem powszechnie używanym do nazywania krótkich łańcuchów aminokwasów, ale termin dipeptyd jest specyficznym terminem, którego używamy do nazwania określonego typu peptydów.