Kluczową różnicą między auksyną i cytokininą jest to, że auksyna stymuluje rozgałęzianie korzeni, podczas gdy cytokinina hamuje rozgałęzianie korzeni i boczne tworzenie korzeni. Co więcej, auksyna jest głównie odpowiedzialna za wydłużanie komórek w łodydze i wierzchołkach korzeni, podczas gdy cytokininy są głównie odpowiedzialne za podział komórek, a zatem znajdują się na obszarach wzrostu.
Fitohormony, znane również jako hormony roślinne, są ważnymi substancjami chemicznymi dla wzrostu i rozwoju roślin. Są cząsteczkami organicznymi i działają jako cząsteczki sygnałowe, które regulują rozwój roślin. Istnieje pięć głównych typów hormonów roślinnych: auksyna, giberelina, cytokinina, etylen i kwas abscysynowy. W ten sposób pełnią różne funkcje samodzielnie i razem, wpływając na wzrost roślin.