Kluczowa różnica między koenzymem a kofaktorem polega na tym, że koenzymy są cząsteczkami organicznymi, podczas gdy kofaktory mogą być cząsteczkami organicznymi lub nieorganicznymi.
Enzymy są niezbędnymi makrocząsteczkami biologicznymi. Są biologicznymi katalizatorami, które zwiększają szybkość reakcji biologicznych w bardzo łagodnych warunkach. Ponadto enzymy to białka; w związku z tym, gdy są poddawane działaniu wysokiej temperatury, stężeń soli, sił mechanicznych, rozpuszczalników organicznych oraz stężonych roztworów kwasów lub zasad, mają tendencję do denaturacji. Czasami enzymy potrzebują wsparcia innej cząsteczki lub jonu, aby miały określoną funkcję. Takimi cząsteczkami są koenzymy i kofaktory.
