Kluczowa różnica między QTL i GWAS polega na typie sekwencji użytych w analizie. QTL wykorzystuje loci genów sprzężenia do analizy cech fenotypowych związanych z dziedziczeniem poligenowym, podczas gdy GWAS wykorzystuje sekwencje całego genomu do analizy polimorfizmów pojedynczego nukleotydu w określonym stanie.
Mapy QTL i GWAS odgrywają ważną rolę w analizach genetycznych pod kątem różnych cech. Ponadto są ważne w analizie różnych stanów chorobowych o nieznanej etiologii. Ponadto sekwencjonowanie odgrywa kluczową rolę w obu technikach. Techniki te można ponadto łączyć z innymi technikami o dużej przepustowości w celu zwiększenia dokładności i precyzji.
