Kluczową różnicą między archenteronem a blastocoelem jest to, że archenteron jest pierwotnym jelitem powstałym podczas gastrulacji w rozwijającej się zygocie, która później rozwija się w przewód pokarmowy, podczas gdy blastocoel jest wewnętrzną wypełnioną płynem lub żółtkiem jamą blastuli powstałą podczas blastulacji.
Zapłodnienie to przypadek rozmnażania płciowego, który tworzy diploidalną zygotę. Zygota ostatecznie zamienia się w embrion. Zarodek ulega podziałom mitotycznym i różnicowaniu komórkowemu, tworząc zarodek wielokomórkowy. Morula to wczesny etap embrionu, który zawiera 16 komórek. Morula staje się blastulą przy siódmym rozszczepieniu. Blastula zawiera 128 komórek. Jest to pusta kula komórek otaczająca wewnętrzną wypełnioną płynem wnękę. A ta wypełniona płynem wnęka blastuli jest znana jako blastocoel. Blastula składa się do wewnątrz i powiększa, tworząc gastrulę, która jest wielowarstwową strukturą zawierającą pierwotne listki zarodkowe. Archenteron to pierwotne jelito zlokalizowane w gastruli. Archenteron rozwija się później w przewodzie pokarmowym.
