Kluczowa różnica między dokowaniem molekularnym a punktacją polega na tym, że dokowanie jest techniką używaną do określenia powinowactwa wiązania między dwiema cząsteczkami, podczas gdy punktacja jest procesem oceny określonej pozy poprzez zliczenie korzystnych interakcji międzycząsteczkowych.
Pojęcia molekularne dokowanie i punktacja są używane w dziedzinie modelowania molekularnego. Modelowanie molekularne to technika wykorzystywana do określenia możliwych układów różnych cząsteczek w danej substancji. Ta technika jest ważna przy tworzeniu nowych stabilnych związków.
