Kluczowa różnica między hematoksyliną Harrisa i Mayera polega na tym, że hematoksylina Harrisa jest stosowana w barwieniu regresywnym, a hematoksylina Mayera w barwieniu progresywnym.
Hematoksylina jest podstawowym barwnikiem powszechnie stosowanym w histopatologii. Jest to naturalny barwnik pozyskiwany z drzewa Haematoxylon campechianum. Jest to barwnik w kolorze ciemnoniebieskim lub fioletowym. Hematoksylina pozwala na zademonstrowanie mikroskopijnych szczegółów jądrowych składników komórkowych i tkankowych. Barwnik ten jest naładowany dodatnio, dlatego wiąże się z substancjami naładowanymi ujemnie, takimi jak DNA i RNA, i zabarwia je na fioletowo. Hematoksylina wymaga zaprawy, aby pomóc w łączeniu się ze składnikami tkanki. Zaprawka to substancja chemiczna, zwłaszcza sól glinu, żelaza, wolframu, która ułatwia wiązanie barwnika ze składnikiem tkanki.
Opierając się na zawartych w nich zaprawach, dostępnych jest kilka rodzajów hematoksylin. Niektóre z nich to hematoksyliny Ehrlicha, Mayera, Harrisa, Gilla, Delafielda, Cole'a i Carazziego. Zarówno preparaty hemoksyliny Harrisa, jak i Mayera to zjadliwe hematoksyliny na bazie glinu.