Kluczowa różnica - Exome vs Transcriptome
Gen zawiera w sobie regiony kodujące i niekodujące. Sekwencje kodujące są znane jako egzony, a sekwencje niekodujące są znane jako introny. Sekwencja nukleotydów eksonów genu reprezentuje kod genetyczny genu do syntezy określonego białka. Dlatego w cząsteczce mRNA pozostają egzony. Cały region egzonu genomu jest znany jako egzom i jest ważną częścią genomu. Kod genetyczny genów jest przekształcany w kod genetyczny cząsteczki mRNA, który jest potrzebny do produkcji białka. Całe cząsteczki mRNA transkrybowane jednocześnie w komórce lub populacji komórek są znane jako transkryptom. Kluczową różnicą między egzomem a transkryptomem jest to, że egzom reprezentuje sekwencje regionów egzonu genomu, podczas gdy transkryptom reprezentuje całkowite mRNA komórki lub tkanki w danym czasie.
SPIS TREŚCI
1. Omówienie i kluczowa różnica
2. Co to jest egzom
3. Co to jest transkryptom
4. Porównanie obok siebie - eksom kontra transkryptom
5. Podsumowanie
Co to jest Exome?
Geny składają się z eksonów, intronów i sekwencji regulatorowych. Egzony to regiony genów, które są transkrybowane do sekwencji mRNA podczas transkrypcji. Introny i inne niekodujące regiony są usuwane podczas transkrypcji. Sekwencja nukleotydów eksonów determinuje kod genetyczny genu, który syntetyzuje specyficzne białko, które koduje. W mRNA białka pozostają tylko egzony. Zbiór eksonów w genomie nazywany jest egzomem organizmu. Reprezentuje część genomu, która jest wyrażana w genach. U ludzi egzom stanowi 1% genomu. Jest to część genomu ludzkiego kodująca białka.
Rysunek 01: Exome
Co to jest Transcriptome?
Transkryptom to zbiór wszystkich transkryptów kodujących i niekodujących białek (RNA) w danej tkance. Transkryptom reprezentuje zbiór całkowitych cząsteczek mRNA eksprymowanych przez geny w komórce lub tkance. Transkryptom komórki można zmieniać za pomocą transkryptomu innego typu komórki. Transkryptom jest również dynamiczny - zmienia się w czasie w odpowiedzi na bodźce wewnętrzne i zewnętrzne. Nawet w tej samej tkance lub w obrębie tego samego typu komórek transkryptom może ulec zmianie po kilku minutach.
Transkryptom różni się od egzomu organizmu. Transkryptom obejmuje tylko eksprymowane sekwencje egzomu. Chociaż egzom komórki pozostaje taki sam, transkryptom różni się między komórkami, ponieważ ekspresja genów nie jest taka sama dla wszystkich komórek lub tkanek. Tylko niezbędne geny ulegają ekspresji w różnych komórkach i tkankach. Ekspresja genów jest procesem specyficznym dla tkanki lub komórki. Jest regulowany przez różne czynniki, w tym czynniki środowiskowe. Dlatego transkryptom może się różnić w zależności od zewnętrznych warunków środowiskowych.
Transkryptom jest używany jako prekursor do badań proteomicznych. Wszystkie białka pochodzą z sekwencji mRNA. Modyfikacje translacyjne mogą powodować zmiany w białkach. Jednak transkryptom dostarcza ważnych podstawowych informacji do badań proteomicznych.
Rysunek 02: Transkryptom embrionalnych komórek macierzystych
Jaka jest różnica między Exome i Transcriptome?
Porównaj środek artykułu przed tabelą
Exome vs Transcriptome |
|
| Egzom to zbiór genów kodujących białka. | Transkryptom to zbiór wszystkich transkrybowanych RNA, w tym mRNA. |
| Próba | |
| Egzom jest badany przy użyciu próbki DNA. | Transkryptom bada się przy użyciu próbki RNA. |
| Metoda badania | |
| Sekwencjonowanie całego egzomu jest metodą badania egzomu. | Sekwencjonowanie RNA to metoda badania transkryptomu. |
Podsumowanie - Exome vs Transcriptome
Egzony to sekwencje kodujące genów i określające sekwencje mRNA białek. Zbiór tych sekwencji kodujących (eksonów) jest znany jako egzom organizmu. Geny są transkrybowane do cząsteczek mRNA przed utworzeniem białek. Całkowite cząsteczki mRNA komórki lub tkanki w dowolnym momencie są znane jako transkryptom. Transkryptom reprezentuje geny, które są aktywnie wyrażane w mRNA w danym momencie. Transkryptom jest specyficzny dla komórki i tkanki i wpływa na warunki środowiskowe. Taka jest różnica między egzomem a transkryptomem.
