Kluczowa różnica między rozszczepieniem wielokrotnym a fragmentacją polega na tym, że rozszczepienie wielokrotne jest rodzajem rozszczepienia, w którym jądro rodzicielskie dzieli się kilka razy mitotycznie, wytwarzając kilka nowych komórek potomnych, podczas gdy fragmentacja jest rodzajem rozmnażania bezpłciowego, w którym organizm rodzicielski rozpada się na kilka fragmenty, które mogą wyrosnąć na nowe osobniki.
Istnieją dwa rodzaje rozmnażania: rozmnażanie bezpłciowe i rozmnażanie płciowe. Rozmnażanie bezpłciowe pochodzi od samotnego rodzica. Nie dotyczy gamet męskich ani żeńskich. Ponadto istnieją różne rodzaje metod rozmnażania bezpłciowego. Niektóre z nich obejmują rozszczepienie (rozszczepienie binarne i wielokrotne), fragmentację, regenerację, pączkowanie, tworzenie zarodników. Jednak ten artykuł koncentruje się głównie na różnicy między wielokrotnym rozszczepieniem a fragmentacją.