Kluczowa różnica między testami DNA matki i ojca zależy od rodzaju źródła DNA używanego w procedurze testowania. Testy DNA matki wykorzystują DNA mitochondrialne, aby określić pochodzenie matki, podczas gdy testy DNA ojca wykorzystują DNA Y, aby uzyskać pochodzenie od ojca.
Określenie pochodzenia zarówno u mężczyzn, jak iu kobiet jest ważne dla określenia relacji rodzinnych. Ponadto testy DNA matki i ojca również określają tożsamość poszczególnych osób. Niektóre z technik molekularnych stosowanych w tej analizie to odciski palców DNA, analiza krótkich powtórzeń tandemowych i polimorfizm długości fragmentów restrykcyjnych (RFLP).
