Kluczowa różnica między hydrokrakowaniem a hydrorafinacją polega na tym, że hydrokrakowanie obejmuje konwersję składników wysokowrzących do składników niskowrzących, podczas gdy hydrorafinacja obejmuje usuwanie tlenu i innych heteroatomów.
Hydrokraking i hydrorafinacja są przydatnymi procesami w rafinacji ropy naftowej. Te dwa procesy należą do kategorii hydroobróbki. Ponadto oba te procesy zachodzą w obecności gazowego wodoru. Istnieje jednak wyraźna różnica między hydrokrakingiem a hydrorafinacją w oparciu o zasadę i mechanizm.