Kluczowa różnica między BLAST a FastA polega na tym, że BLAST jest podstawowym narzędziem do dopasowywania dostępnym na stronie National Center for Biotechnology Information, podczas gdy FastA jest narzędziem do wyszukiwania podobieństw dostępnym na stronie Europejskiego Instytutu Bioinformatyki.
BLAST i FastA to dwa programy, które są szeroko stosowane do porównywania sekwencji biologicznych DNA, aminokwasów, białek i nukleotydów różnych gatunków i szukania ich podobieństw. Te algorytmy zostały napisane z myślą o szybkości. Ponieważ kiedy naukowcom udało się wyizolować DNA w laboratorium w połowie lat 80. XX wieku, pojawiła się potrzeba porównania i znalezienia identycznych genów do dalszych badań z dużą prędkością. W związku z tym te dwa programy zostały opracowane w taki sposób, aby użytkownik mógł szybko wyszukiwać podobne sekwencje z sekwencjami zapytań.
BLAST jest akronimem dla Basic Local Alignment Search Tool i używa podejścia zlokalizowanego do porównywania dwóch sekwencji. FastA to oprogramowanie odnoszące się do Fast A, gdzie A oznacza wszystko. Tutaj oprogramowanie działa z alfabetami, takimi jak Fast A do sekwencjonowania DNA i Fast P do białek. Zarówno BLAST, jak i FastA są bardzo szybkie w porównywaniu dowolnej bazy danych genomu i dlatego są bardzo opłacalne zarówno pod względem finansowym, jak i oszczędzającym czas.
